почему зародыш находится в нижней части яйца

Как я понимаю, вы под нижней частью яйца считаете его тупую часть. В тупой части яйца располагается воздушный мешок. Зародыш располагаеся головой к нему для того, чтобы дышать. И в последующем, выход из скорлупы происходит тоже в сторону воздушного мешка. Зародыш может занять неправильное положение, если во время инкубации яйца раполагаются горизонтально или тупым концом вверх.