(+)Her first class does start at 9 o'clock.
☝ Утверждение
Теперь как сделать вопросик? Через When или Does.

When does her first class start?

When - это вопросительное слово
Does - это вспомогательный глагол, указывающий на настоящее время

Они могут вполне употребляться вместе, как и в этом предложении