Почему на старых портретах не рисуют глаза?

Потому что раньше было очень проблематично изображать глаза - ведь в их изображении должны присутствовать различные частицы. В давние времена не было ещё подходящих кистей, которые могли бы создавать нужный тонкий размер для обрисовки частей глаза.
А вообще под глазами что ты имела в виду? 
На многих портретах они есть, но могут быть прикрыты. Иной вариант: из-за долгого времени хранения этих видов изобразительного искусства, сама краска могла облупиться и создаться новое видение этих портретов у нас, современников.