Почему при самоопылении повышается гомозиготность у получаемых потомков? Какого значение этого процесса?

Потому что при самоопылении получаются "чистые" линии, то есть закрепляются все признаки "родителей", так как не происходит расщепления (изменения) генов. Что-то вроде близкородственных браков. Отрицательная сторона гомозиготности - это постепенное, из поколения в поколение накопление отрицательных признаков. А положительная - с помощью такого метода закрепляют полезные качества при селекции растений, животных, рыб. Примерно так.