Почему еретиков, веривших в Христа и почитавших Евангелию, католическая церковь подчас преследовала с большей жестокостью и непримириимостью, чем язычников, мусульман и иудеев?

Потому что католическую церковь интересовала не столько праведность, сколько личная выгода. Протестанты выступали за скромность в церквях, за отмену индульгенций, за отмены церковной десятины. Все эти изменения могли очень сильно ударить по авторитету и богатству католической церкви, за что они и преследовали протестантов.