почему безударная гласная в слове кисель обозначена буквой и

Потому , что это непроверяемая гласная в корне слова и мы ее запоминаем.

Слово кисель произошло от слова кислый. Значит проверочное слово кислый.
Почему кислый?? Потому что, в Древней Руси кисель изготавливали из пшеницы, а после всех необходимых процедур пшеница становилась густой, КИСЛОЙ кашей. Такой своеобразный “кисель" подавали в большом блюде, заливая молоком