В каких сказках есть муки совести?

курочка ряба,басни крылова

В "Аленьком цветочке" отец, когда младшенькая улетела в замок, вместо него!

А еще в "Сказке о рыбаке и рыбке", старику было стыдно просить у золотой рыбки прихоти старухи!
 Гауф - Рассказ об отрубленной руке 
Может еще Гуси-лебеди, когда девочке наказали смотреть за братом, а она заигралась. 
Еще Фунтик сильно раскаивался, что дурачил детишек.